算盤的清理方法非常古老，先用干布或刷子將框子和上下軸棒和珠子小心地擦拭，除去灰塵或污垢、若是要除去手垢或油污時，應用堿水快擦快干。最好不用油性清潔劑或是中性洗滌劑或水洗。算盤雖然是一種工具，但是它每一個珠子、框架都是獨立的藝術品，所采用的都是天然的黑檀、紫檀、拓植、樺木等等。如果它們沾有太多水分或藥劑的話，會變彎曲，珠子也會帶垢而撥動不靈。萬一被雨水淋濕時，不可讓太陽直射，應置于陰涼處晾干。

若是塑料算盤的話，可以用布蘸中性洗滌劑將污垢擦除。