由于忽視了飲水機的日常消毒工作，很多飲水機流出的水可能已被“二次污染”。飲水機的污染是由多方面原因造成的。一是水的原因。礦泉水、純水中的雜質、礦物質等會沉淀到飲水機中的內膽里，時間一長就會隨水流出。現在水品牌繁多，一些雜牌水中雜質過多，加快了沉淀物的產生。二是一些飲水機的質量問題。有些飲水機密封不好，更嚴重的是一些偽劣產品用的是嶄新的名牌產品外殼，里面的內膽卻被換成了已被污染的舊膽。三是飲水機利用空氣壓力原理工作，出多少水，進多少空氣。即使是品質優良的產品，上面必須有排氣孔及不可避免的縫隙，空氣中的細菌、灰塵及舜螂等爬蟲都會進入并沉積，給飲水機造成污染。